协商文件没有写明可以在合同中写明吗？

可以。招标文件中的合同条款应是签订的合同条款。如果投标文件（附录）提出了其他内容，招标人接受的，签署合同时相应内容应以投标文件为准。如果有条款未明确，应签订补充协议，进一步明确双方责任和义务。招标文件是要约邀请，跟合同签订没有实质性关系。只有投标文件提出的（要约）被招标人接受（承诺）才构成合同，可以要求签订补充协议明确相关内容。

《中华人民共和国民法典》 第五百一十条 合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。